Expozice Dějiny zachycuje v celkem sedmi sálech minulost českých zemí od 8. století až do první světové války a svým rozsahem i množstvím sbírkových předmětů se jedná o ojedinělý muzejní projekt ilustrující tak dlouhý časový úsek. Expozice nabízí možnost zorientovat se v českých dějinách a pochopit nejen události jako takové, ale i souvislosti mezi nimi a utvořit si celistvý obrázek minulosti. Návštěvníci se zde setkají s nejrůznějšími exponáty od nejmenších předmětů středověkých šperků nebo drobných artefaktů dokumentujících každodenní život lidí až po největší předmět v podobě arcibiskupského kočáru z 18. století, který lze s trochou nadsázky označit za Ferrari své doby.
První sály jsou věnovány období středověku – osídlování českého území, formování českého státu a kontaktům s okolními zeměmi, struktuře a systému středověké společnosti, pronikání křesťanství, ale také prvním písemným památkám dokumentujících vzdělanost a každodennímu životu ve středověku. Hned po vstupu do prvního sálu návštěvníky ohromí velká ochranná zeď středověkého hradiště, do jejíž druhé strany jsou zabudovány vitríny s ukázkami impozantního bohatství středověkých archeologických nálezů z českého území. Ve stejném prostoru se pak nachází také stavba rotundy. Prohlédnout si mohou modely opevněného osídlení nebo třeba ukázky dobové zbroje. Pozornost je věnována v hojné míře také středověkému výtvarnému umění a kultuře.
Raný novověk, tedy období od 15. do 18. století, reprezentují sály tematicky zaměřené na třicetiletou válku, její průběh a rekatolizaci. Dominanty zde tvoří model barokní kaple a cyklus obrazů svatojánské legendy a kultu. V další části se návštěvníci setkají s dynastií Habsburků, proniknou do osvícenství a také se seznámí s dvorskou kulturou. Ústředním předmětem je bezpochyby unikátní arcibiskupský kočár.
Pozornost části expozice je rovněž zaměřena na rozvoj poznání a vědy od 16. do 19. století., na emancipaci a specializaci věd a uplatnění vědeckého poznání v oborech, které jsou lidem prospěšné.
Období tzv. dlouhého 19. století (od 80. let 18. století do r. 1914) je zasvěcen poslední ze sálů expozice. Prostoru vévodí velký model budovy Národního muzea rozložený do jednotlivých částí, v nichž jsou umístěny sbírkové předměty. Hlavními tématy prostupujícími sálem je způsob vlády v monarchii, politický přelom roku 1848 a liberální reformy, dále pak národnostní problematika v období moderního nacionálního uvědomování, společenský pokrok a vznik moderní společnosti.
Hned v šesti sálech expozice se nachází velkoformátová videa, která svým zpracováním dokáží zcela vtáhnout do atmosféry zobrazovaných událostí. Návštěvníci tak mohou prožít například průběh staroměstské exekuce roku 1621 nebo se ocitnou uprostřed bitvy u Kolína roku 1757.
Ty nejmenší návštěvníky pak bezesporu zaujmou předměty, na které si lze sáhnout. Potěžkají si tak například středověký meč či palcát, vyzkouší si, jak by jim slušela přilba nebo si prohlédnou nejrůznější štíty s vyobrazenými erby.