1986 zunächst als „Mobiles Puppentheater-Museum“ gegründet, bezog das Puppentheater-Museum Berlin 1995 seine jetzigen Räume in Neukölln. Hier präsentiert es in jährlich wechselnden Ausstellungen seine reichen Bestände an Handpuppen, Stabfiguren, Marionetten, Schattentheater- und Trickfiguren aus den verschiedensten Kulturkreisen Europas, Asiens und Afrikas. Sie stammen zum Teil von bedeutenden Bühnen und Figurenbildnern.
In Führungen werden die Besucher, ihrem Alter und ihren Interessen entsprechend, mit der Welt des Figurentheaters vertraut gemacht. Sie erfahren etwas über die Funktionen des Puppentheaters in den vergangenen 150 Jahren, über die Themen und Spieltechniken und können die Theaterpuppen auch selbst ausprobieren. Zudem werden in Sonderausstellungen die Geschöpfe heutiger Puppenmacher vorgestellt. Das Archiv verwahrt Fachliteratur, Fotos, Plakate, Grafiken und Spieltexte, die für die historische Entwicklung des Puppenspiels interessant sind. Die Ausstellungen werden ergänzt durch Aufführungen im museumseigenen Puppentheater sowie durch Märchenerzählungen, Lesungen und Workshops zum Beispiel zum Puppenbau, die sich teils an Kinder, teils an Erwachsene richten.