Stálá expozice muzea je věnovaná dějinám města Bechyně a blízkého okolí od pravěku po současnost. Jsou zde sbírky zabývající se archeologií, lidovou kulturou, keramikou (kterou je Bechyně proslulá), církevní historií či vývoje města a místního průmyslu na přelomu 19. a 20. století. Hned po otevření byla expozice oceněna cenou Gloria musaealis. Během roku muzeum také připravuje různě zaměřené krátkodobé výstavy.