Fundacja Galerii Foksal została założona w 1997 roku. Jej celem była ochrona zbiorów i tradycji Galerii Foksal, opieka nad nowymi projektami artystów, działalność wydawnicza oraz naukowa. Od 2000 roku fundacja prowadzi niezależną działalność. Obecnie jej działalność skupia się na inicjowaniu i wspieraniu projektów artystycznych (wystaw, koncertów, filmów, publikacji), które często odbywają poza galerią, wychodzą w przestrzeń publiczną. Z Fundacją związani są artyści: Paweł Althamer, Cezary Bodzianowski, Piotr Janas, Katarzyna Józefowicz, Robert Kuśmirowski, Edward Krasiński, Anna Niesterowicz, Wilhelm Sasnal, Monika Sosnowska, Jakub Julian Ziółkowski, Artur Żmijewski. Prowadzona jest przez Andrzeja Przywarę, współpracuje z nim także Adam Szymczyk, obecnie dyrektor Kunsthalle w Bazylei.